Den som bedriver en flygverksamhet ska för de flygningar som omfattas av handelssystemet övervaka utsläppen av koldioxid. Verksamhetsutövaren måste också för varje år kunna redovisa utsläppsrätter som täcker de faktiska utsläppen. Verksamhetsutövaren ska ha en plan för de åtgärder som vidtas för att övervaka och rapportera utsläppen. Det betyder bl.a. att verksamhetsutövaren ska räkna tonkilometer, dvs. lastvikten multiplicerad med den flugna sträckan. Övervakningen av utsläppen ska börja 2010. Från och med 2012 måste utsläppen omfattas av utsläppsrätter. Utsläppsrätter kommer att tilldelas dels gratis efter ansökan om tilldelning baserat på antalet tonkilometer, dels genom auktionering.

Ändringarna föreslås träda i kraft den 1 augusti 2009